A.1
基本的には会社と相談していただくことになります。

国としては「 小学校休業等対応助成金 」で示されている「労働基準法に定める年次有給休暇とは別の有給休暇（以後、”特別な有給”と表記します）」を取得させた企業に対する助成金を創設しています。

欠勤扱いではなく、”特別な有給”を取得できるように会社と相談してみるのが良いでしょう。
なお、”特別な有給”に関する補助金は労働者に直接支給される性格の助成金ではないため、会社内で有給休暇を取得する手続きを踏んでください。
参考：資料１

A.2-1
こちらも基本的には 会社との相談になります。
（A.1）で示した”特別な有給”を取得できるよう相談してみましょう。
参考：資料１ 

A.2-2
（A.2-1）で示した”特別な有給”扱いになった場合とします。
既に ”労働基準法に定める年次有給休暇”を申請して休んでいる場合でも、 後から”特別な有給”扱いに振り替えてもらえるように会社に相談してみましょう。
参考：資料１  

A.3
会社の判断で休むように指示された場合は、休業手当を受け取ることが出来ます。

なお、自主的に休む場合には休業手当の支払い対象とはなりません。

会社の規定に則り病気休暇制度、もしくは年次有給休暇等を取得してください。
参考：
資料２問３＜感染が疑われる方を休業させる場合＞
資料３問２＜発熱などがある方の自主休業＞
資料３問３＜年次有給休暇と病気休暇の取り扱い＞

A.4
現時点ではありません。